平成13年10月１日より、国税庁長官の認定を受けた特定非営利活動法人（以下「認定ＮＰＯ法人」という。）に対して行った寄附を寄附金控除等の対象とする税制上の特例措置が講じられました。
1.認定ＮＰＯ法人のあらまし
認定ＮＰＯ法人とは、ＮＰＯ法人のうち、その運営組織及び事業活動が適正であること並びに公益に資することについて一定の要件を満たすものとして、国税庁長官の認定を受けた法人のことをいいます。
認定の有効期間は、国税庁長官が認定の際に定めた日から２年間ですが、認定の要件を満たさなくなるなどの場合には認定が取り消されます。
認定を受けようとする場合には、主たる事務所の所在地を所轄する税務署を経由して国税庁に提出することとされています。
国税庁長官の認定を受けようとするＮＰＯ法人は申請書に添付する書類の一つとして所轄庁の証明書が必要となります。
認定要件や認定申請に必要な書類等、認定に関する詳細については国税庁のホームページをご覧下さい。
2.認定ＮＰＯ法人の税制上の特例措置について
1.個人が支出した認定ＮＰＯ法人への寄附金に対する特例措置
個人が認定ＮＰＯ法人に対し、その認定ＮＰＯ法人の行うＮＰＯ法第２条第１項に規定する特定非営利活動に係る事業に関連する寄附（その寄附をした者に特別の利益が及ぶと認められるものを除きます。）をした場合には、当該寄附に係る支出金を特定寄附金とみなして寄附金控除の適用が認められます。
2.法人が支出した認定ＮＰＯ法人への寄附金に対する特例措置
法人が認定ＮＰＯ法人に対し、その認定ＮＰＯ法人が行う特定非営利活動に係る事業に関連する寄附金を支出した場合には、その寄附金と特定公益増進法人に対する寄附金との合計額に対し、一般の寄附金に係る損金算入限度額とは別に、同額の損金算入限度額が設けられていますので、その損金算入限度額の範囲内で損金算入が認められます。
なお、認定ＮＰＯ法人に対する寄附金と特定公益増進法人に対する寄附金との合計額が損金算入限度額を超える場合には、その超える部分の金額は一般の寄附金と合わせ、一般の寄附金に係る損金算入限度額の範囲内で損金算入が認められます。
3.相続人等が認定ＮＰＯ法人に贈与した相続財産等に対する特例措置
相続又は遺贈により財産を取得した者（平成１３年１０月１日以後に相続又は遺贈により財産を取得した者に限ります。）が、その取得した財産を相続税の申告期限までに認定ＮＰＯ法人に対し、その認定ＮＰＯ法人が行う特定非営利活動に係る事業に関連する寄附をした場合には、その寄附をした者又はその親族等の相続税又は贈与税の負担が不当に減少する結果となる場合を除き、その寄附をした財産の価額は相続又は遺贈に係る相続税の課税価格の計算の基礎に算入されません。
ただし、当該寄附を受けた認定ＮＰＯ法人が、寄附のあった日から２年を経過した日までに認定ＮＰＯ法人に該当しないこととなった場合又はその寄附により取得した財産を同日においてなお特定非営利活動に係る事業の用に供していない場合には、適用されません。
（市民活動（NPO）ホームページより引用）
認定NPO法人名簿
国税庁において、租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）第六十六条の十一の二第三項に規定する認定特定非営利活動法人（認定ＮＰＯ法人）として認定した法人について、お知らせいたします。（平成18年11月1日現在認定の有効期間内にある法人は48法人です。）
なお、下表の「特定非営利活動の種類」欄には、特定非営利活動促進法（平成十年法律第七号）別表各号の活動の種類を記載しております。
認定NPO法人名（五十音順）（平成18年10月31日現在）
1. 特定非営利活動法人アールディーエージャパン
2. 特定非営利活動法人インド福祉村協会
3. 特定非営利活動法人ウイメンズハウスとちぎ
4. 特定非営利活動法人幼い難民を考える会
5. 特定非営利活動法人患者の権利オンブズマン
6. 特定非営利活動法人北九州ホームレス支援機構
7. 特定非営利活動法人霧多布湿原トラスト
8. 特定非営利活動法人言論エヌピーオー
9. 特定非営利活動法人国際キャリア支援協会
10. 特定非営利活動法人国際連合世界食料計画ＷＦＰ協会
11. 特定非営利活動法人国境なき医師団日本
12. 特定非営利活動法人さいたまユネスコ協会
13. 特定非営利活動法人三曲合奏研究グループ
14. 特定非営利活動法人ジェイエイチピー学校をつくる会
15. 特定非営利活動法人ジェン
16. 特定非営利活動法人市民オンブズマン福岡
17. 特定非営利活動法人ジャパン・プラットフォーム
18. 特定非営利活動法人人道目的の地雷除去支援の会
19. 特定非営利活動法人スペシャルオリンピックス日本
20. 特定非営利活動法人青少年の自立を支える会
21. 特定非営利活動法人世界の子どもにワクチンを日本委員会
22. 特定非営利活動法人高木仁三郎市民科学基金
23. 特定非営利活動法人千里アーカイブスステーション
24. 特定非営利活動法人チャイルドラインもしもしキモチ
25. 特定非営利活動法人難民を助ける会
26. 特定非営利活動法人二十一世紀協会
27. 特定非営利活動法人日本アニマルトラスト
28. 特定非営利活動法人日本ガーディアン・エンジェルス
29. 特定非営利活動法人日本救援衣料センター
30. 特定非営利活動法人日本国際ボランティアセンター
31. 特定非営利活動法人日本テニスウェルネス協会
32. 特定非営利活動法人日本ブルキナファソ友好協会
33. 特定非営利活動法人日本ＵＮＨＣＲ協会
34. 特定非営利活動法人パイロット日本基金
35. 特定非営利活動法人ピープルズ・ホープ・ジャパン
36. 特定非営利活動法人１００万人のふるさと回帰・循環運動推進・支援センター
37. 特定非営利活動法人福岡犯罪被害者支援センター
38. 特定非営利活動法人ふじみの国際交流センター
39. 特定非営利活動法人ブッダ基金
40. 特定非営利活動法人ぶどうのいえ
41. 特定非営利活動法人平和のための戦争メモリアルセンター設立準備会
42. 特定非営利活動法人緑の地球ネットワーク
43. 特定非営利活動法人ミャンマー総合研究所
44. 特定非営利活動法人メイあさかセンター
45. 特定非営利活動法人文字文化研究所
46. 特定非営利活動法人森の会
47. 特定非営利活動法人ロースクール奨学金ちゅうぶ
48. 特定非営利活動法人ワールド・ビジョン・ジャパン